Абу Райҳон Беруний номидаги Шарқшунослик институти қўлёзмалар фонди жаҳондаги энг катта қўлёзма манбаларидан биридир. Хива хони кутубхонаси тўлиқ ҳолда, Бухоро амири кутубхонаси, Бухоро амирининг қозикалони Садр Зиёнинг шахсий кутубхонаси ҳозирда шу ерда сақланади. 30-40 йил мобайнида институтимиз томонидан юртимизнинг турли ҳудудларига экспедиция уюштирилиб, аҳолида мавжуд бўлган ноёб қўлёзма асарлар сотиб олиниб, фондимизга келтирилган. Қўлёзмалар хазинасидаги энг қадимий манба терига ёзилган Қуръони каримнинг бир саҳифаси бўлиб, халифа Али розияллоҳу анҳу даврида кўчирилган. Энг қадимги тўлиқ китоб эса IX асрда кўфий хатида кўчирилган Қуръони карим нусхасидир. XX асргача минтақамизда яшаб, фаолияти юритган турли соҳа олимлари, шоирларнинг қўлёзма асарларининг аксарияти бизнинг фондимизда сақланади. Қўлёзмаларнинг умумий сони 26000 жилд бўлиб, уларда 100000 дан ортиқ рисолалар жамланган. Davomini o'qish